1918 in Kirchbach geboren übersiedelt er mit 12 Jahren von der Volksschule Kirchbach ins Knabenseminar nach Graz. Nach der Matura 1938 erfolgte der Eintritt ins Jesuiten-Noviziat in St. Andrä in Kärnten. Zu Beginn des II. Weltkrieges erfolgt die Einberufung in eine preußische Einheit und zum Kriegseinsatz gegen Russland. Hier entdeckte Pater Stoisser erstmalig die Liebe zum russischen Volk.

Nach einigen Studienjahre in Innsbruck und Wien wurde das Studium der Theologie 1946/47 abgeschlossen. Am 3. August 1947 feierte Johannes Stoisser Primiz in seiner Heimatpfarre Kirchbach. 1948 folgte ein Spezialstudium in Rom. 1952 wurde Pater J. Stoisser Prokurator und Minister im Colegio Russikum.

1955 begann der Sendungsauftrag in Brasilien als Flüchtlingsbetreuer, wo er seit 1967 Superior und Leiter des russisch-katholischen Werkes ist. Seine Hauptaufgabe ist die Betreuung der etwa 20.000 zum Teil aus China eingewanderten Russen und als Seelsorger und Sozialhelfer der Bewohner der Armenvierteln in Sao Paulo.